JBIF:日本生物多様性情報イニシアチブ

お問い合わせからGBIFへの登録までの流れ

データをお持ちの方はお問い合わせください

データをお持ちでGBIFへのデータ登録をご検討の方は、こちらのフォームからお問い合わせください。後日、担当からご連絡差し上げます。

原則として、組織や機関からのデータのみ受け付けています。

公開支援フォームからお問い合わせ

データを登録できる形に整えます

GBIFにデータを登録するためには、データを決まった形式に整える必要があります。以下に形式や必須項目などについてまとめていますが、登録されるデータが標本データで、S-Netにも登録される場合はこれ以外にも必要な項目があります。また、データは基本的に英語で登録しますので、英語でご準備ください。ご不明な点や詳細については担当にご相談ください。

  1. データをどのタイプのデータセットとして公開するかを選択します。データセットのタイプは4種類あります。
    データセットのタイプ 適しているデータ 登録に必要なデータ
    メタデータ 自然史コレクションなど、現在デジタル化されていないデータをお持ちの場合。 メタデータ
    チェックリスト 種のチェックリストをお持ちの場合。情報が豊富な場合はオカレンスデータセットとして登録することをお勧めします。 メタデータ
    チェックリストデータ
    オカレンス 標本データや観測データなど、ある種がある場所に存在した証拠となるデータをお持ちの場合。 メタデータ
    オカレンスデータ
    サンプリングイベント モニタリングデータなど、決まった手法で集めた、複数の時間・場所のデータをお持ちの場合。サンプリング手法に関する情報を記したファイルを紐づけることができます。 メタデータ
    オカレンスデータ
    イベントデータ

    各データセットタイプの詳細については、GBIFの Dataset classes や、ライブラリー-データ公開の方法をご覧ください。

    登録に必要なデータの概要
    メタデータ

    データについての情報をまとめたデータ。タイトル、説明、連絡先等の情報が必須です(必要な情報の詳細は「メタデータを準備します」へ)。

    チェックリストデータ

    チェックリストのデータ。taxonID、学名、分類の階級の情報が必須です(必要な情報の詳細は「データを Darwin Core 標準形式に合わせます」へ)。

    オカレンスデータ

    ある種がある場所に存在した証拠となるデータ。occurrenceID、データがどのような性質のものか(例えば、保存標本、人による観察など)、学名、存在した日時の情報が必須です(必要な情報の詳細は「データを Darwin Core 標準形式に合わせます」へ)。

    イベントデータ

    サンプリングに関するデータ。eventID、イベントの日時、サンプリング手法の情報が必須です(必要な情報の詳細は「データを Darwin Core 標準形式に合わせます」へ)。

  2. メタデータを準備します。メタデータは4つのすべてのデータセットで必要になる、データについてのデータであり、そのデータセットの種類(観察または標本)やデータセットの担当者の所属や連絡先、データ採取地の情報(いつ、緯度・経度などの場所、対象生物種の系統情報など)、 関連する文献情報などについて記載します。GBIFメタデータのページで、メタデータの各項目の説明と、入力例として国立環境研究所の魚類データのメタデータ情報をご覧いただけます。
    メタデータ
    必須項目-必ず登録してください
    項目 内容
    Shortname IPTで登録を行う際のデータセットのユニークな識別子。データセットにアクセスするときのURLのパラメーターになります。英数字、ハイフン、アンダースコアのみ使用できます。(JBIFでは、IPTを用いてGBIFへのデータ登録を行うため、データセットごとにShortnameを決める必要があります。)
    IPTについては、GBIFの IPT: The Integrated Publishing Toolkitライブラリー-IPTに関する情報をご覧ください。
    title データセットのタイトル
    description データセットについての説明
    publishing organisation 登録を行う機関はJBIFが決定します。標本データは国立科学博物館、観察データは国立遺伝学研究所からGBIFに登録します。
    type データセットのタイプ。「1.データをどのタイプのデータセットとして公開するかを選択します。」で決定したデータセットのタイプを記入します。
    license データのライセンス。CC0 1.0、CC-BY 4.0、CC-BY-NC 4.0の3つのうちのいずれかを選択してください。クリエイティブコモンズ(CC)ライセンスについてはこちら
    contact(s) データセットの詳細情報に関する問い合わせや、データに問題があった場合に対処する、データセットの管理者の連絡先。管理者の姓、所属機関、役職の情報が必須です。
    creator(s) データセットの作成者。作成者の姓、所属機関、役職の情報が必須です。データセットの引用を自動生成する場合、この内容が使用されます。
    metadata provider(s) メタデータ作成の責任者。責任者の姓、所属機関、役職の情報が必須です。

    このほか、登録できるメタデータ項目についてはGBIFメタデータをご覧ください。

  3. データを Darwin Core 標準形式に合わせます。

    Darwin core は GBIF で採用されている標準データ形式です。 Darwin core については、GBIF の「What is Darwin Core, and why does it matter?」をご覧ください。 また、登録できる Darwin core 項目を知りたい場合は、GBIF Repository of Schemas が便利です。 チェックリストデータの項目はDarwin Core Taxon、 オカレンスデータの項目はDarwin Core Occurrence、 イベントデータの項目はDarwin Core Event をご覧ください。

    チェックリストデータ、オカレンスデータ、サンプリングイベントデータのそれぞれに、必須となる Darwin Core 項目があります。各データの必須項目・推奨項目のリストは以下の表をご覧ください。また、GBIFの「Data quality requirements」にも、求められるデータの品質について書かれています。

    このほか、なるべく多くの情報が含まれるように、データを充実させてください。

    データセットのタイプがチェックリストの場合

    チェックリストデータ
    必須項目-必ず登録してください
    Darwin core 内容
    taxonID 生物分類ID    
    scientificName 学名(なるべく著者や日付の情報も含める)    
    taxonRank 分類名の情報    
     データ形式(日本語)  GBIF Repository of Schemas

    チェックリストデータセットのテンプレート(エクセルファイル)をこちらのページの「Templates」からダウンロードできます。「Excel Template (with example data)」にはサンプルデータが入力されています。

    データセットのタイプがオカレンスの場合

    オカレンスデータ
    必須項目-必ず登録してください
    Darwin core 内容
    occurrenceID レコードに割り振られるユニークID    
    basisOfRecord データレコードの種類    
    scientificName 学名(なるべく著者や日付の情報も含める)    
    eventDate イベント発生の日時もしくは間隔    
     データ形式(日本語)  GBIF Repository of Schemas

    オカレンスデータセットのテンプレート(エクセルファイル)をこちらのページの「Templates」からダウンロードできます。「Excel Template (with example data)」にはサンプルデータが入力されています。

    データセットのタイプがサンプリングイベントの場合

    オカレンスデータ
    必須項目-必ず登録してください
    Darwin core 内容
    eventID イベント情報ID(このIDにリンクするイベントデータが必要です)    
    occurrenceID レコードに割り振られるユニークID    
    basisOfRecord データレコードの種類    
    scientificName 学名(なるべく著者や日付の情報も含める)    
     データ形式(日本語)  GBIF Repository of Schemas
    イベントデータ
    必須項目-必ず登録してください
    Darwin core 内容
    eventID イベント情報ID(このIDにリンクするオカレンスデータが必要です)    
    eventDate イベント発生の日時もしくは間隔    
    samplingProtocol 収集方法    
    sampleSizeValue サンプルのサイズを表す数値    
    & &
    sampleSizeUnit サンプルのサイズを表す数値の測定単位    
     データ形式(日本語)  GBIF Repository of Schemas

    サンプリングイベントデータのテンプレート(エクセルファイル)をこちらのページの「Templates」からダウンロードできます。「Excel Template (with example data)」にはサンプルデータが入力されています。

データを整え、データセットにまとめる

GBIFに登録します

データが登録できる形に整いましたら、国立科学博物館または国立遺伝学研究所からGBIFにデータセットを登録します。

GBIFに登録 GBIF

2022年1月作成