JBIF:地球規模生物多様性 情報機構日本ノード

GBIFデータポータルは、利用者を特定の種や生物群に関連した情報へと案内することを目的としています。この目的を可能にするために、GBIFのデータプロバイダーによって共有されている分類階層が重要な役割を果たしています。

ポータルの全てのデータセットには、生物の名前と分類に関する情報が含まれています。それぞれの種の分布記録は、その生物の学名と、通常はより上位の分類階層まで含みます。時には種、属、科、目、網、門、界までのフルセットの分類階層を含むこともありますが、一部の分類階層だけの場合もあります。
一つの種に対する学名は、使用されている分類体系によって異なる場合があります。

特に、対象生物の研究が深まり、その種が、他の属に移動されたり、多岐にわたる種に分割されたり、逆に一つの種に統合されて学名が変わる事があります。これらの変更によって、一つの種のセットに対して、異なる名前が使われる状況が生まれます。一つの種に対する異なる名前は、同種異名(シノニム)と呼ばれています。

データセットの中には、対象生物グループに標準の近代的分類体系を適用している(すなわち、データセットの中の全てのデータが一つの分類体系で分類されている)ものもあれば、標本が収集されたり、観察が行われた時点でその都度記録されたデータを含んでいるデータセットもあります。後者の場合、同じ種であっても、一つのデータセット内で、異なる名前や異なる分類で出現する可能性があります。

さらに、異なるデータセットにおいては、ある特定の種が、異なる方法で名づけられたり、分類されたりする可能性があります。
この名前の問題に対処するために、ポータルは、出来る限り信頼に足る分類体系を利用しています。その他の体系に由来する名前や分類は、この信頼に足る分類体系の中の最適な場所に位置付けるようにしています。

この様な信頼に足る分類体系の情報源の一つに、Catalogue of Life Annual Checklist があります。それは、種のグループごとに科学的に見直しが終わった学名のリストを統合したチェックリストで、現在100万種以上の種を含んでいます。このチェックリストは、そこに掲載されている多くの種のシノニムや普通名も網羅しています。GBIFポータルは、このチェックリストを中核とし、シノニムの情報を使って、データを適切に関連付けています。

信頼に足る情報源としてポータルはさらに、植物についてはInternational Plant Names Index (国際植物名目録)を使用し、菌類に関しては、Index Fungorum(菌類目録)を使用しています。
これらの情報源は、GBIF データに含まれる種の中のかなりの割合をカバーしています。しかし、それでも、これらの情報源に含まれていない名前を持ったデータがたくさん存在しています。したがってポータルは、これらの目録に含まれていない名前を、自動的に、分類階層の一番適切な場所に配置するようなプロセスを取り入れています。

GBIFは、このプロセスが、エラーが起きやすいプロセスで、試験的なものに過ぎないことは承知していますが、学名が、Catalogue of Life, International Plant Names Index や、Index Fungorum に掲載されていない生物に関する情報をユーザーが見つけ出す可能性を高めるためのものになると考えています。

この自動化されたプロセスを通して、分類体系に書き加えられた名前は、Classification Browser(分類ブラウザ)の中で、灰色で表示され、分類木の中では、「unconfirmed name」と言う見出し付きで表示されます。Classification Browserを使う事によって、ユーザーは、この自動的に作成された分類階層のなかを探索することができます。また、それぞれ個々のデータセットに使われている分類体系についても調べる事ができます。そのためには、そのデータセットのOverview Page に入り、ページの上部にある青い"Actions"のボックスの中の"Explore"の欄の"Names and Classification"のリンクをクリックして下さい。そうすると、その特定のデータセットで使用されている名前と分類を表示したClassification Browserが開かれます。 このClassification Browserによって、このポータルに含まれているすべてのデータセット間において、ある種や生物群の分類方法を比較することもできます。 このClassification Browserによって、このポータルに含まれているすべてのデータセット間において、ある種や生物群の分類体系を比較することもできます。ピンク色の"Actions"ボックスの中の、"Classifications of ..."をクリックすると、このポータルのすべてのデータセットについて、その種または生物群の分類を示した表の画面が現れます。表の右端の"view"をクリックすると、そのデータセットで使われているすべての分類を見ることができます。