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国内活動のお知らせ
21世紀の生物多様性研究ワークショップ
2012年12月15日「絶滅危惧種と生物多様性情報」 プログラム→
2011年12月10日「日本に生き物は何種いるか」 プログラム→
2010年12月12日「生物の学名と和名は何故ややこしいのか - 生物多様性情報探索のキー -」 プログラム→
2009年12月14日「生物分布情報から探る生物多様性 - 観察情報の集積とその利用」 プログラム→
2008年12月8日「環境・生物多様性関連の大規模情報ネットワークの構築と利用」 プログラム→
2007年12月10日「生物多様性インフォマティクスを創出する2」 プログラム→
2006年10月30日「生物多様性インフォマティクスを創出する」 プログラム→

発表資料
2010年12月7日〜10日 分子生物学会 配布資料
2009年12月14日〜16日 GIW2009 ポスター発表資料
2009年6月12日 統合データベースプロジェクトシンポジウム ポスター発表資料
2009年3月5日 NBRPデータベース研究会 発表資料

国立遺伝学研究所の活動
培地を評価するための参照菌株リストを電子ブックで公開
国内標本検索サイト(遺伝研から国際公開済みのデータ)
GBIFデータベースの48項目を指定して標本データベースを検索することができるシステムです。GBIFデータベースへ登録する前に確認するためのシステムとしても利用しています。
生物多様性解析ツール (公開を終了しました)
オーストラリアのDan Rosauerさん、Bryn Honeymanさんの協力を得て開発したプロトタイプシステムです。 Australian Biodiversity Information Facility(ABIF)で公開されているBiodiversity Analysis Tool(BAT)システムをオープンソースであるMapServer, PostgreSQL, PostGISを組み合わせて構築しました。
バーコードオブライフデータを用いた生物種同定システム
本システムはCOI遺伝子の配列を用いて構築されているバーコードオブライフプロジェクト のデータベースや16S ribosomal RNAのデータ等を利用して任意のDNA配列の生物種を同定することが可能なプロトタイプシステムです。

バーコードのデータ件数について
Barcode of Life Data Systemsには2008年12月22日の時点で、

Formally Described Species With Barcodes50,582
Total Barcode Records524,228
SourceBreakdown
GenBank68,277
Canadian Centre417,984
Others37,967

と、種々の件数が表記されていますが、これらの数字の意味はそれぞれ以下のとおりです:

  • Formally Described Species With Barcodesは、文字通りバーコードが付与された生物種の種類数です。
  • GenBankの件数(*)は、ほぼミトコンドリアのCOI配列の数であり、バーコードの基準を満たしていない配列を含みます。
    (*)すなわち、国際塩基配列データベース(International Nucleotide Sequence Database (DDBJ/EMBL/GenBank)における件数
  • Canadian Centreの件数は、各国からの依頼で配列を決定するBOLDの配列決定センターで決定された配列の件数であり、国際塩基配列データベース(DDBJ/EMBL/GenBank)にはその一部しか登録されていません。Canadian Centreからの登録はdbxrefにboldと記述されていることで識別できます。なお、DDBJのキーワード検索システムARSA にて、キーワードにBarcodeを含むエントリーを検索すると14,294件です。
  • Othersは、BOLD以外のグループからBOLDに提供された配列の件数であり、かならずしもINSDC(DDBJ/EMBL/GenBank)には登録されていません。

東京大学大学院総合文化研究科の活動
日本バーコードオブライフ・イニシアティブ(JBOLI)

国立科学博物館の活動
サイエンス・ミュージアム・ネット 科学系博物館の情報や自然史標本に関するポータルサイト
国立科学博物館の標本・資料や画像のデータベース

科学技術振興機構(JST)の活動
JSTのGBIF HPへのリンク